Η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία, στην οποία αποδίδεται ιδιαίτερη βαρύτητα (27 πιστωτικές μονάδες ECTS), εκπονείται υπό την επίβλεψη ενός διδάσκοντα του ΠΜΣ. Η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία γράφεται  στην  ελληνική  ή/και  στην  αγγλική  γλώσσα. Ο τρόπος συγγραφής της Μεταπτυχιακής Διπλωματικής Εργασίας είναι συγκεκριμένος, σύμφωνα με τις προδιαγραφές που έχουν εγκριθεί από την Συνέλευση του Τμήματος (παράρτημα 3 του Κανονισμού).

Η μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία πρέπει να βρίσκεται θεματικά στο πεδίο που καλύπτει το συγκεκριμένο ΠΜΣ και να αποδεικνύει  προχωρημένες θεωρητικές γνώσεις και πρακτικές δεξιότητες, κριτική σκέψη, αναλυτικές, συνθετικές και ερευνητικές ικανότητες. Μπορεί να αναφέρεται σε θεωρητικά ή εφαρμοσμένα θέματα και να πραγματοποιείται σε συνεργασία με ιδιωτικό ή δημόσιο φορέα που έχει αρμοδιότητες σε συναφή αντικείμενα.