Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει δύο διδακτικά εξάμηνα και είναι διαρθρωμένο σε πέντε ενότητες:
- Η δυναμική και η αναδιοργάνωση των χώρων
- Η Ανάδυση των υπαιθριακών χώρων
- Πόροι και Χωρικοποίηση
- Μεθοδολογίες, εργαλεία και τεχνικές
- Σεμινάριο περιβάλλοντος
Παράλληλα, κατά τη διάρκεια τους έτους, οι φοιτητές αναλαμβάνουν την εκπόνηση μιας κοινής εργασίας πάνω σε μια Συλλογική Εκπαιδευτική Μελέτη Περίπτωσης (ΣΕΜΠ), με σκοπό την απόκτηση διεπιστημονικής εκπαίδευσης και εμπειρίας. Η Σ.Ε.Μ.Π. στην οποία αποδίδεται ιδιαίτερη βαρύτητα, εντάσσει φοιτητές διαφόρων ειδικοτήτων που παρακολουθούν το ΜΠΣ σε μια ενιαία ομάδα εργασίας που αντιμετωπίζει ένα πραγματικό αναπτυξιακό πρόβλημα μιας περιοχής, προβαίνοντας σε αξιοποίηση νέων τεχνολογιών, συναντήσεις εργασίας με τους τοπικούς φορείς, επιτόπιες έρευνες, συνεντεύξεις κλπ, υπό την καθοδήγηση των διδασκόντων του προγράμματος καθώς και αναγνωρισμένων επαγγελματιών σχετικών με το αντικείμενο του προβλήματος.
Στο τέλος του δεύτερου εξαμήνου, οι φοιτητές υποχρεούνται σε τρίμηνη πρακτική άσκηση η οποία ολοκληρώνεται με την εκπόνηση της μεταπτυχιακής διπλωματικής εργασίας. Η πρακτική άσκηση μπορεί να πραγματοποιηθεί σε φορείς και οργανισμούς της τοπικής αυτοδιοίκησης (Δήμοι, Αναπτυξιακές Εταιρίες κλπ), κρατικούς φορείς, ιδιωτικές εταιρίες κλπ (της Ελλάδας και του εξωτερικού), σε συνεργασία με το Εργαστήριο Αγροτικού Χώρου του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, που υποστηρίζει το ακαδημαϊκό και ερευνητικό έργο του ΠΜΣ DYNTAR.