Ο σκοπός του Κέντρου είναι η ανάλυση και αξιολόγηση των πολιτικών για την ανάπτυξη της Νότιας και Ανατολικής Ευρώπης και ιδίως των Βαλκανίων. Οι πολιτικές αυτές μπορεί να αφορούν σε ένα πλήθος χωρικών επιπέδων (π.χ. ομάδες χωρών, διασυνοριακές ζώνες, περιοχές σε βιομηχανική παρακμή, αγροτικές περιοχές), και τομέων παρέμβασης (π.χ. πολιτικές αναδιάρθρωσης, σταθεροποίησης, ολοκλήρωσης, υποδομών και ανάπτυξης). Η αναπτυξιακή και διαρθρωτική υστέρηση των Βαλκανίων και η ανυπαρξία δυναμικών οικονομικής ολοκλήρωσης και ενσωμάτωσης της περιοχής δεν έτυχε στον βαθμό που έπρεπε της δέουσας εφαρμοσμένης επιστημονικής ανάλυσης. Το κενό αυτό έρχεται να καλύψει το ΚΑΝΑΕ αξιοποιώντας την εξειδικευμένη γνώση του ερευνητικού του δυναμικού για την επίλυση συγκεκριμένων προβλημάτων. Οι ερευνητικές ομάδες του κέντρου στοχεύουν στην διεθνή και διεπιστημονική προσέγγιση και στην διατύπωση συγκεκριμένων προτάσεων πολιτικής. Ιδιαίτερο βάρος δίνεται στην διάδοση των αποτελεσμάτων των ερευνητικών εργασιών του Κέντρου στους φορείς λήψης αποφάσεων και στην κοινή γνώμη καθώς και στην ενεργό συμμετοχή – όπου κρίνεται αναγκαίο – στον σχεδιασμό και την εφαρμογή των προτεινόμενων πολιτικών. Το ΚΑΝΑΕ υποστηρίζεται επιστημονικά και διοικητικά από τα Εργαστήρια του Τμήματος, καθώς και από ειδικούς άλλων Τμημάτων του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας.